しゃがみテクニック
デカマリオの必須のテクニック。右写真のように、チビマリオになりたくない場合これを使わないと進めない場所があります。また身長の大きいデカマリオは天井に頭をぶつけることが多いため、ジャンプする時もしゃがんだほうが安全なことも…。水中面で使えるしゃがみ泳ぎも、当たり判定を小さくする重要なテクニックだ。しゃがみ泳ぎ中はファイアボールが使えなくなる点には注意しよう。
無限1UP
階段で甲羅を連続して踏む、無限に出現するトゲゾーを甲羅で蹴散らし続けるといった方法があります。土管などによる戻りを利用した永久パターンもいくつか作りました。SMB2もそうでしたが、Mario Penも1-1で無限1UPが可能だとか…（ただし難易度高し）。
キノコジャンプ
パワーアップキノコを取る瞬間にAボタンを離しておき、パワーアップ中にAボタンを押し続けるとパワーアップ直後にジャンプする事ができる。空中でキノコを入手した場合は２段ジャンプになる。Mario Penでは１箇所、この技を想定した隠しアイテムがあります（右写真のスター）。一応この技を使わなくても取ることはできますが…（ただしタイミングはシビア）。
隙間のぼり
画面をスクロールさせて半キャラ分の隙間をつくると、その隙間を登ることができる。主に地下面で多用する有名な裏技。初心者でも簡単にできる技なので、隙間登りではハマること（タイムオーバー待ち）がないよう細心の注意をはらって設計していますが、もちろんやむをえなかった部分（右写真など）もあるので、ハマリが容易に予想できる場所での使用はご遠慮ください。特に水中面は注意しよう。
ポール5000点
Mario Penではすべてのコースでポール5000点獲得が可能ですが、一部、隠し１コインを利用する、隙間登りを使うなど裏技的なテクニックを駆使しないと獲得できないコースがあります。余裕のある人は5000点を狙ってみよう。なお、スクロール（右寄せなど）を利用して画面端のポールに飛びついた場合、SMB同様フリーズする可能性があります。ご注意ください。
ポール越え
一部の面ではポール越えを想定していますので、ポール越えができそうな場所は挑戦してみてください。しかしながら、ポール越えを想定していない面もあります。かなり悪質な技を駆使しないと難しいと思いますが、この様な面でポール越えによりクリア不能になった場合はタイムアップを待ちましょう。振り返ってみればSMBの1-1でもポール越えができました。
3-1では、旗を消した後にポールの上部に飛びつく事で、キャラクターが二階の窓から入城する珍しい(?)様子を目撃できます。最上部に飛び乗ると…。
その他の裏技
ｎ段ジャンプやブロック抜けを駆使するとほとんどの地形が無意味になるため、この技によるショートカットやハマリは想定しておりません。そもそもこれらの技は難易度が高く、使う暇があったら普通にクリアしてしまったほうが手間がかからないでしょう。これらの技を駆使する事で生じるSMB特有の不具合（フリーズ）についてもご了承ください。